TDI-CCD的驱动时序控制比普通线阵CCD的驱动时序控制要复杂的多, IL-E2型TDI-CCD的时序控制包括各种直流电平控制和各种时钟脉冲序列控制。对于前者，主要包括供电电压VDD、输出栅电压VEST、溢出栅电压VOV、衬底电压VBB和级数控制偏置电压等;对于后者，主要包括行转移时钟脉冲TCK，像元移位读出时钟脉冲CR1、CR2，输出复位时钟脉冲RST，TDI方向移位寄存器驱动时钟脉冲CI1～CI4，级数控制时钟脉冲CSS6、CSS12、CSS24、CSS48。TDI-CCD工作时，在行转移时钟脉冲TCK为高电平期间，像元感光产生的信号电荷在TDI方向移位寄存器驱动时钟脉冲CI1、CI2、CI3、CI4的共同作用下，沿着TDI(TDI级数由TDI级数控制脉冲选为6、12、24、48、96中的一种)方向积累并转移到输出移位寄存器中;当TCK为低电平时，TDI-CCD在像元移位读出时钟脉冲CR1、CR2的作用下，输出复位时钟脉冲RST每来一个有效电平高电平时，TDI-CCD的输出信号OS端输出一个信号，直到信号输出完为止。之后TCK由低电平变为高电平，CI1、CI2、CI3、CI4也相应的变为有效电平，转移上一次转移完后像元感光产生的信号电荷，开始一个新的周期。

　　对于此TDI-CCD时序设计与普通线阵CCD时序设计存在以下几个突出特点。(1)在TDI方向存在4相移位寄存器驱动时钟，它们的周期与行周期一致，高电平脉宽t3应大于3μs， CI1的上升沿滞后于TCK的上升沿，CI2的下降沿滞后于TCK的下降沿，CI1、CI2的高电平脉宽至少有1μs的重叠。CI3、CI4在时序关系上分别为CI1、CI2的倒相。(2)此TDI-CCD的工作级数可以通过CSS6、CSS12、CSS24、CSS48四个级数选择信号进行控制，使其工作于96、48、24、12和6级。